Vadija

Vadija yra vyriausias Lietuvos skautų sąjungos vykdomasis organas. Jai vadovauja Lietuvos skautų sąjungos Vyriausiasis skautininkas, padedamas pavaduotojų.

Vadiją sudaro penki skyriai, beisrūpinantys tam tikra sritimi, vadovaujami skyrių vedėjų:
1.    Narių skyrius – tvarko visus klausimus, susijusius su naryste organizacijoje, nario mokesčiu, išduoda, pratęsia, skelbia negaliojančiu Lietuvos skautų sąjungos Nario pažymėjimą, administruoja LSS narių sąrašus.
2.    Finansų skyrius – administruoja visą organizacijos lėšų judėjimą, vykdo buhalterinę apskaitą, taip pat organizacijos lygmens projektų finansinę priežiūrą, remia vienetų iniciatyvas.
3.    Mokymų ir planavimo skyrius – rūpinasi nuolatiniu Lietuvos skautų sąjungos narių ir vadovų tobulinimusi, kuria ir teikia Tarybai tvirtinti visų lygmenų veiklos bei mokymų programas, organizuoja seminarus ir kitus organizacijos lygmens renginius.
4.    Aprūpinimo skyrius – organizuoja Lietuvos skautų sąjungos narių aprūpinimą skautų uniforma bei jos detalėmis; administruoja bendrą organizacijos renginių inventorių ir skiria jį renginiams bei vykdo kitas Vyriausiojo skautininko nurodytas aprūpinimo užduotis.
5.    Ryšių skyrius – prižiūri ir palaiko tiek išorinius ryšius su organizacijomis, tiek organizacijos vidaus ryšius, taip pat ryšius su visuomene.

Lietuvos skautų sąjungos Vadija yra aktyviausias, užtikrinantis kasdieninę organizacijos veiklą organas. Į jos darbą nuolat kviečiami įsijungti savanoriai, norintys dirbti visuomenės labui, įgyti didelės patirties ir išmokti dirbti organizacijoje.

Taryba

Taryba yra Lietuvos skautų sąjungos sprendžiantysis organas, sudarytas iš 18 Suvažiavime išrinktų narių, Vyriausiojo skautininko ir jo pavaduotojų. Jai vadovauja Lietuvos skautų sąjungos Tarybos pirmininkas.

Lietuvos skautų sąjungos Taryba:
1.    Pirmame posėdyje renka Tarybos pirmininką
2.    Priima ir keičia LSS įstatus ir nuostatus
3.    Rūpinasi Lietuvos skautų sąjungos gerove ir augimu
4.    Rūpinasi kitais organizacijos reikalais

Lietuvos skautų sąjungos Tarybos posėdžius kviečia Tarybos Pirmininkas savo iniciatyva arba kitiems LSS vadovybės organams reikalaujant; posėdžiaujama apie penkis kartus per metus.

Kontrolės komisija

Garbės gynėjai

Lietuvos skautų sąjungos Garbės gynėjai yra trys Suvažiavime renkami asmenys, kurių pareiga – saugoti gerą organizacijos vardą. Garbės gynėjai organizacijoje neužima jokių kitų pareigų.

Garbės teismas

Lietuvos skautų sąjungos Garbės teismas yra Suvažiavimo išrinktas organas, skirtas tirti skundams dėl Lietuvos skautų sąjungos narių svarbesnių nusižengimų ir teikti išvadas Lietuvos skautų sąjungos Tarybai. Garbės Teismą sudaro 3 nariai, kurie iš savo tarpo išsirenka Pirmininką.  

Šio organo sprendimai privalomi visiems Lietuvos skautų sąjungos nariams. Nariai, Garbės Teismo arba Tarybos sprendimu turintys veiklos apribojimus, neturi teisės būti renkami į Lietuvos skautų sąjungos Tarybą, Vadiją; užimti kitas vadovaujančias pareigas.